Auch in weiten Teilen der katholischen Kirche hat die geplante Einführung von Studiengebühren Proteste hervorgerufen: Der freie Hochschulzugang sei eine soziale Errungenschaft, die "nicht leichtfertig über Bord geworfen werden sollte," kritisiert etwa der Präsident des Katholischen Familienverbands (KFÖ), Johannes Fenz. Er befürchtet überdies "unerwünschte soziale Effekte " und "eine Verlängerung der Studiendauer."

Die Katholische Hochschuljugend (KHJÖ) fürchtet, ehrenamtliches, studentisches Engagement in karitativen und gemeinnützigen Organisationen könne schon bald der Vergangenheit angehören. Dieser Trend sei auch als Folge früherer Sparpakete bereits spürbar gewesen.

Deutliche Worte kommen auch von der Fakultätsvertretung Katholische Theologie der Universität Wien: Die Vertretung sei von den, so wörtlich "überfallsartig beschlossenen Studiengebühren entsetzt" – und weiter: "Wir können uns nicht damit abfinden, wenn der Zugang zur Bildung von der finanziellen Lage der Studierenden abhängig gemacht wird." Als Motiv der geplanten Maßnahmen ortet die Fakultätsvertretung "den Versuch, unter dem Deckmantel des Sparens das intellektuell-kreative Potential und das politische Engagement, das von den Universitäten ausgeht, zu lähmen."